Месси родился 24 июня 1987 года в Росарио, Аргентина. Отец — Хорхе Месси, фабричный рабочий, мать Силия Месси (девичья Кусситини), частично занятая уборщица. Семья его отца происходит из итальянского города Анконы, откуда его предок, Анджело Месси, эмигрировал в Аргентину в 1883 году. У него есть два старших брата по имени Родриго и Матиас, а также сестра по имени Мария Соль. Месси начал заниматься футболом в возрасте пяти лет, в местном клубе «Грандоли», тренируемый своим отцом Хорхе. На первые занятия его отводила бабушка; впоследствии все свои голы Лионель посвящал ей[3]. В 1995 году он стал играть за «Ньюэллз Олд Бойз», которые базировались в его родном городе Росарио. В возрасте 10 лет у него был диагностирован дефицит соматотропина (гормона роста). «Ривер Плейт» проявлял интерес к Месси, но не имел достаточного количества денег, чтобы заплатить за лечение, поскольку это стоило 900$ в месяц. Карлес Рексач, спортивный директор «Барселоны», знал о его таланте, поскольку у Месси были родственники в Каталонии. В юном возрасте Месси и его отец отправились в Барселону. «Барселона» заключила контракт с ним после просмотра игры Лионеля, предложила оплатить медицинские счета в случае его переезда в Испанию. Семья Месси переехала в Европу, и он начал выступать в молодёжной команде клуба.